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DNA 重组和鉴定

浏览次数: 发布时间:2017-09-29
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  DNA重组技术是分子生物学的基本技术之一,是DNA片段扩增、纯化、外源基因表达、基因转录调节、核酸结构与功能研究的基础。

  实验原理

  DNA重组本质上是一个酶促生化过程,是指将外源目的基因片段通过DNA连接酶的作用插入到质粒载体中的过程。DNA片段只有与载体重组并转入合适的宿主细胞中才能进行复制。通过此方法可以对单个基因的功能进行研究。结合PCR技术还可以应用于疾病诊断、合成具有商业意义的产品,如胰岛素、干扰素等。

  它的基本过程可以用分、切、接、转、筛五个步骤简单概括。分, 目的DNA片段和载体DNA的纯化;切, 限制性内切酶切割质粒DNA和目的DNA片段, 使二者易于相连;接,体外使两者相连接;转,重组体转入合适的宿主细胞;筛,区分插入有外源DNA的重组质粒和无插入而自身环化的载体分子。

  载体的选择 因为载体具有能够在特定宿主细胞中独立自我复制的复制起始点,保证插入的外源片段的复制;并且具有多个限制性内切酶的单一位点,即多克隆位点,用于插入外源片段,而又不破坏质粒本身的结构;还具有易于筛选和检测的标记性基因,如抗药性基因、酶基因或营养缺陷型等。本实验采用TA连接法将PCR扩增的DNA片段插入到pBluescript KS+/-质粒载体中,转化受体菌为E. coli DH5α菌株。由于pBluescript上带有Ampr 和lacZ基因,故重组子的筛选采用Amp抗性筛选与α-互补现象筛选相结合的方法。

  因pBluescript带有Ampr 基因而外源片段上不带该基因,故转化受体菌后只有带有pBluescript DNA的转化子才能在含有Amp的LB平板上存活下来;而只带有自身环化的外源片段的转化子则不能存活。此为初步的抗性筛选。

  pBluescript上带有β-半乳糖苷酶基因(lacZ)的调控序列和β-半乳糖苷酶N端146个氨基酸的编码序列。E. coli DH5α菌株带有β-半乳糖苷酶C端部分序列的编码信息。在各自独立的情况下,pBS和DH5α编码的β-半乳糖苷酶的片段都没有酶活性。但在pBluescript和DH5α融为一体时可形成具有酶活性的蛋白质。这种lacZ基因上缺失近操纵基因区段的突变体与带有完整的近操纵基因区段的β-半乳糖苷酸阴性突变体之间实现互补的现象叫α-互补。由α-互补产生的Lac+ 细菌较易识别,它在生色底物X-gal(5-溴-4氯-3-吲哚-β-D-半乳糖苷)下存在下被IPTG(异丙基硫代-β-D-半乳糖苷)诱导形成蓝色菌落。当外源片段插入到pBS质粒的多克隆位点上后会导致读码框架改变, 表达蛋白失活, 产生的氨基酸片段失去α-互补能力, 因此在同样条件下含重组质粒的转化子在生色诱导培养基上只能形成白色菌落。由此可将重组质粒与自身环化的载体DNA分开。此为α-互补现象筛选。

  质粒提取方法有碱裂解法;煮沸裂解;羟基磷灰石柱层析法,质粒DNA释放法;酸酚法等。本实验采用碱裂解法,当菌体在NaOH和SDS溶液中裂解时,蛋白质与DNA发生变性,当加入中和液后,质粒DNA分子能够迅速复性,呈溶解状态,离心时留在上清中;蛋白质与染色体DNA不复性而呈絮状,离心时可沉淀下来。

  实验仪器

  恒温摇床,电热恒温培养箱,台式高速离心机,无菌工作台,低温冰箱, 恒温水浴锅, 制冰机, 分光光度计,微量移液枪,EP管、手套、口罩。

  实验试剂

  材料:PCR 产物,质粒pBluescript,E. coli DH5α菌株

  试剂

  1)LB培养基、培养液

  2)琼脂粉

  3)100mg/ml氨苄青霉素

  4)X-gal、IPTG

  5)T4连接酶及BUFFER

  6)0.1MCaCl2

  7)SOC培养基

  8)质粒提取 I II III液及异丙醇

  溶液I

  50mmol/L葡萄糖

  25mmol/L Tris.Cl(pH8.0)

  10mmol/LEDTA(pH8.0)

  溶液I可成批配制,每瓶约100ml,在10lbf/in2(6.895×104Pa) 高压下蒸气灭菌15分钟,贮存于4℃。

  溶液Ⅱ

  0.2mol/L NaOH(临用前用10mol/L贮存液现用现稀释)

  1%SDS

  溶液Ⅲ

  5mol/L乙酸钾 60ml

  冰乙酸 11.5ml

  水 28.5ml

  9)HindIII, BamI

  实验步骤

  1 分:课下纯化质粒和PCR产物

  2 切:质粒线性化和纯化

  3 接:(连接管和对照管)

  t-vector(37ng) 1ul

  目的片段DNA 1ul(mol数是vector的1-3倍)36ng/ul

  10xT4buffer 1ul

  T4连接酶 1ul

  H2O 6ul

  混匀,室温(22C)2hours

  大肠杆菌感受态细胞的制备

  

LB 15ml +TOP10菌种1支,37C摇3h


  

2500rpm 15min 离心去上清


  

加0.1M 预冷CaCl2 3ml 充分混匀,离心去上清


  加0.1M CaCl2 0.3ml,分装0.1mlEP管中,至于冰上

  4 转

  

冰上操作,将连接反应10ul与感受态细菌混匀,放在冰上30min


  

42C热休克2min 水浴,再放于冰上


  

每管加SOC 0.9ml,37C 摇床1h


  取0.1ml摸碟子,翻转碟子37c过夜培养

  5 筛

  

挑白色菌落,放在LB2ml+2ulAmp中37c摇过夜


  

菌落PCR+酶切


  一步法提取质粒

  无菌法倒出菌液于1.5EP管中,离心1min,倒上清;短暂离心,吸尽上清

  6 一步法提质粒

  1. 取1.5ml培养物倒入Eppendorf管中,12000r/min,4℃,1min

  2. 吸去培养液,使细胞沉淀尽可能干燥

  3. 将细菌沉淀悬浮于200μl预冷的溶液I中,剧烈振荡

  4. 加200μL溶液II(新鲜配制),盖紧Eppendorf管,快速颠倒5次,混匀内容物,将Eppendorf管放在冰上

  5.加入200μL溶液III(冰上预冷),盖紧管口,颠倒数次使混匀,冰上放置5min

  6.13000r/min,离心5min,将上清夜转至另一Eppendorf管中

  7.向上清夜加入异丙醇450μL。13000r/min离心5min。倒去上清,把Eppendorf管倒扣在吸水纸上,吸干液体

  8.用1ml 75%乙醇洗涤质粒DNA沉淀,振荡并离心1min,倒去上清夜,55C干燥

  9.30μL TE缓冲液,使DNA完全溶解(-20℃保存)

  7 酶切鉴定

  10μL溶液 + 10×内切酶缓冲液2μL + 5~10U酶

  37 ℃,1-2h

  电泳:

  1. 1%Agrose gel的制备

  2. 上样

  3. 电泳

  4. 紫外灯下观察和拍照

  8 PCR鉴定


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